微量cfDNA簡化基因組甲基化測序（cfDNA-RBS）
cfDNA片段化嚴重，片段大小常在150bp左右，現(xiàn)有甲基化檢測技術(shù)包括cfMeDIP和微量WGBS等。無法做到堿基分辨、具有抗體特異性和非特異性捕獲、覆蓋深度低、檢測成本高等特點。常規(guī)RRBS富集約70-350bp范圍酶切片段，如對于CG含量高的片段將被切割的更碎而無法檢測，保留下來的片段反而是CG含量低，無甲基化信息的基因片段。
易基因研發(fā)cfDNA-RBS技術(shù)，特異性捕獲CCGG位點兩端的DNA，通過亞硫酸鹽測序，實現(xiàn)高深度，單堿基分辨檢測CG位點甲基化信息。DNA起始量僅需5ng，是目前腫瘤甲基化標志物檢測研究的優(yōu)選技術(shù)，應(yīng)用場景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個性化用藥、實時監(jiān)控、預(yù)后監(jiān)測等。
技術(shù)優(yōu)勢
1、超低起始量：100-500ul血漿或5ng cfDNA；
2、測序覆蓋度高：20G測序數(shù)據(jù)，可達10M的CG位點覆蓋，涵蓋CpG島、啟動子、增強子、CTCF結(jié)合位點等多種核心調(diào)控區(qū)域
3、單堿基分辨率：在其覆蓋范圍內(nèi)可精確分析每一個C堿基的甲基化狀態(tài)；
4、性價比高：成本相對于現(xiàn)有技術(shù)大幅降低。
應(yīng)用場景
1、癌前病變的癌變預(yù)警標志物檢測
2、腫瘤早期篩查標志物檢測
3、腫瘤預(yù)后標志物檢測
4、藥物療效預(yù)測標志物檢測
技術(shù)路線
實驗策略
分析內(nèi)容
送樣要求
技術(shù)指標
cfDNA提取及檢測效果
a. 提取樣本為比較純的cfDNA，主帶在150bp左右；
b. 提取樣本中含有較多gDNA污染
經(jīng)典案例
全基因組cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌無創(chuàng)診斷成像的準確性
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
背景
基于乳房X線片和超聲技術(shù)的乳腺影像報告和數(shù)據(jù)系統(tǒng)(BI-RADS)被廣泛用于乳腺癌的早期診斷，但這種方法的假陽性率較高，會導致不必要的活檢，尤其是對于BI-RADS-4類的患者來說。而攜帶DNA甲基化信息的游離DNA(cfDNA)已經(jīng)成為一種非侵入性的癌癥檢測方法。
方法
本研究收集了接受乳腺X線片和超聲檢查后活檢的210例BI-RADS 4類乳腺病變女性患者。從CHCAMS的活檢患者中收集了20個腫瘤樣本(10個惡性和10個良性)，用于全基因組重亞硫酸鹽測序(WGBS)。
結(jié)論
基于血液的全基因組DNA甲基化研究，以單堿基分辨率從良性腫瘤中檢測早期乳腺癌，結(jié)果表明結(jié)合液體活檢和傳統(tǒng)的成像診斷可以通過降低假陽性率和避免不必要的損害來改進當前乳腺癌早期診斷的臨床實踐。
圖：液體活檢與傳統(tǒng)的診斷顯像相結(jié)合可以提高早期乳腺癌診斷的準確性。
參考文獻：
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
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