RAD-Seq

基于酶切的簡化基因組測序（RAD-Seq，Restriction-site Associated DNA Sequence）是對與限制性核酸內(nèi)切酶識別位點相關(guān)的DNA進行高通量測序，可大幅降低基因組的復(fù)雜度，降低建庫和測序成本，操作簡便，同時不受參考基因組的限制，可快速鑒定出高密度的SNP位點，實現(xiàn)遺傳進化分析及重要性狀候選基因的預(yù)測。RAD-Seq尤其適合于大樣本量的研究，可以為利用全基因組重測序技術(shù)做深度信息挖掘奠定堅實的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)芯片分型技術(shù)相比，RAD-Seq可以檢測基因組上未知變異點中新的SNP，發(fā)掘新的和稀有的變異。RAD-Seq技術(shù)可廣泛應(yīng)用于變異檢測、遺傳圖譜構(gòu)建、功能基因挖掘、群體進化等研究，具有重大的科研和產(chǎn)業(yè)價值。

基于RAD-Seq的變異檢測，利用RAD-Seq對某一物種個體或群體的基因組進行測序及差異分析，可獲得SNP、InDel等大量的遺傳多態(tài)性信息，建立遺傳多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，為后續(xù)揭示進化關(guān)系、功能基因挖掘等提供理論基礎(chǔ)。

基于RAD-Seq的遺傳圖譜的構(gòu)建，對酶切獲得的RAD tag進行高通量測序，可以獲得RAD tag上的SNP?？蓮V泛應(yīng)用于遺傳圖譜的構(gòu)建，從而為后續(xù)的QTL定位奠定基礎(chǔ)。

基于RAD-Seq的群體進化分析，對物種的各亞種進行RAD測序獲得基因組信息，通過與RAD tag組裝出的參考序列或參考基因組序列進行比對，獲得大量高準確性的SNP變異信息，以進化群體遺傳學(xué)分析。

樣品要求

一、變異檢測：

1. DNA樣品量≥ 3 ug；

2. EcoRI（GAATTC）酶切；

3. 推薦測序深度≥ 1X/個（組裝樣本的測序深度≥ 5X）。

二、遺傳圖譜：

1. DNA樣品量≥ 3 ug；

2. 測序深度：親本2-5X，子代0.8X/個（F1、F2等臨時性群體），0.6X/個（RIL、DH等永久性群體）；

3. 適用范圍：單倍體或者二倍體物種，所有作圖群體（F1、F2；RIL、DH等），群體大小在100個以上。

三、群體進化：

1. DNA樣品量≥ 3 ug；

2. 測序深度：≥ 1X/個（組裝樣本的測序深度5X）

3. 適用范圍：單倍體或者二倍體物種中不同亞群，各亞群間劃分明顯，同一亞群內(nèi)的個體有一定代表性，每個亞群選取10個樣本左右（動物≥ 10個，植物≥ 15個），總體不少于30個樣本。

四、樣品細則：

1. DNA樣品：請?zhí)峁舛龋?/span>100 ng/μl，總量＞3μg的DNA，OD 260/280在1.8~2.0之間，并確保DNA無降解，電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整，主帶應(yīng)在100kb以上。若樣品中有多糖、糖蛋白的殘留，對打斷DNA樣品帶來非常大的困難，且很難去除，因此特別要求所提供的樣品不要有多糖或糖蛋白污染。

2. 植物樣品：選取植物幼嫩組織，每個樣品重量＞500 mg，干冰或者液氮保存寄送。

3. 動物樣品：要求新鮮動物組織，避免脂肪組織，每個樣品重量＞50 mg。對于一般物種應(yīng)挑選肝臟、腎臟、血液等組織取樣，對于珍貴物種請?zhí)峁┒鷺?、毛發(fā)（帶毛根）等脂肪含量較少的組織進行取樣。為了減少個體差異對后續(xù)拼接產(chǎn)生的影響，盡量從同一個個體中取樣。若物種體積較小，從一個個體中提取的DNA量不能滿足測序?qū)嶒炈瑁诒ＷC量的前提下，應(yīng)盡量減少采樣個體的數(shù)量。提供組織樣品應(yīng)＞50 mg，盡量提供較多量，不同的物種DNA提取產(chǎn)量有差異。

4. 樣品運輸：送樣管務(wù)必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封，樣品請用干冰或者冰袋運輸。干冰運輸時間不要超過72小時；冰袋運輸，時間最好不要超過24小時。樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。

常見問答

1. Q：高密度SNPs標記開發(fā)時要考慮哪些因素？

A：高密度SNPs標記開發(fā)的基本條件和設(shè)計理念是所獲得的片段盡量在基因組上分布均勻，通過測定少量代表全基因組信息的序列獲得成千上萬個SNPs標記。首先要利用生物信息學(xué)方法對目標物種參考基因組（或已知BAC序列）進行系統(tǒng)分析，根據(jù)基因組GC含量、重復(fù)序列情況和基因特點等信息，選擇相應(yīng)的限制性酶以及測序文庫類型，以保證分子標記的密度、均勻性、效率滿足遺傳分析和分子育種的需要。

2. Q：RAD-seq的適用范圍？

A：可用于鑒定任何物種（有無參考基因組數(shù)據(jù)均可）的遺傳圖譜、多態(tài)（親緣地理分析）、關(guān)聯(lián)、QTL定位等分析。RAD-Seq技術(shù)可廣泛應(yīng)用于變異檢測、遺傳圖譜構(gòu)建、功能基因挖掘、群體進化等研究。

3. Q：用RAD-seq研究群體進化的優(yōu)勢是什么？

A：一般情況下，群體進化研究涉及較大的樣本量，RAD-seq可大幅降低基因組的復(fù)雜度，降低建庫和測序成本，操作簡便。另外，它不受參考基因組的限制，研究物種范圍更廣泛。RAD-Seq尤其適合于大樣本量的研究，可以為利用全基因組重測序技術(shù)做深度信息挖掘奠定堅實的基礎(chǔ)。

4. Q：有參和無參的區(qū)別是什么？

A：對于發(fā)現(xiàn)突變信息而言，有參考基因組進行序列比對和變異檢測的效率和準確率更高。而且，可以定位受選擇的基因，研究群體的連鎖不平衡現(xiàn)象。