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m1A甲基化常規(guī)mRNA +lncRNA甲基化測序（ lnc MeRIP）

N1-甲基腺苷（N1-methyladenosine，m1A）是一種普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的轉(zhuǎn)錄后RNA修飾?；诟咄繙y序技術(shù)最新研究揭示m1A RNA修飾在基因調(diào)控和生物過程中的關(guān)鍵作用：對RNA穩(wěn)定性和翻譯起始等過程有著重要調(diào)節(jié)作用，廣泛參與多種疾病的發(fā)生和發(fā)展。

m1A RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的甲基化RNA免疫沉淀測序方法（MeRIP-seq/m1A-seq），該技術(shù)利用m1A特異性抗體富集發(fā)生m1A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測序，對RNA上的m1A修飾進(jìn)行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。


易基因提供適用于不同科研需求的m1A-seq技術(shù)：

1）m1A甲基化-常量mRNA 甲基化測序（m1A-seq）

2）m1A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-m1A-seq）

3）m1A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-m1A-seq）



技術(shù)優(yōu)勢：

1）起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需1μg總RNA；

2）轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)：可以同時檢測mRNA和lncRNA；

3）樣本要求：可用于動物、植物、細(xì)胞及組織的m1A檢測；

4）重復(fù)性高：IP富集重復(fù)性高，最大化降低抗體富集偏差

5）應(yīng)用范圍廣：廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域。


技術(shù)路線：


實驗策略：

圖：微量MeRIP-seq實驗流程

分析內(nèi)容：


送樣要求：


典型案例

真核生物mRNA中的m1A甲基化動態(tài)變化研究
The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA
背景：
m1A RNA甲基化發(fā)生在Watson-Crick區(qū)域，可能影響RNA堿基配對，還促進(jìn)腺苷修飾在生理條件下帶正電荷，可能會顯著改變RNA結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)-RNA互作。
方法：
研究人員對人HeLa（宮頸腺癌），HepG2（肝細(xì)胞癌）和HEK293（胚胎腎）細(xì)胞系（ATCC）和原代小鼠胚胎成纖維細(xì)胞（MEF）（C57BL / 6，ATCC）進(jìn)行基于抗體富集的RNA甲基化免疫沉淀測序（MeRIP-seq，m1A-seq），在轉(zhuǎn)錄組范圍定位m1A位點，并將其與Dimroth重排反應(yīng)進(jìn)行耦聯(lián)以獲得高分辨率m1A圖譜。
結(jié)果：
m1A-seq結(jié)果表明m1A在第一個剪接位點上游起始密碼子周圍富集：m1A傾向于修飾翻譯起始位點周圍一些更結(jié)構(gòu)化的區(qū)域，可以對生理條件做出動態(tài)響應(yīng)，并與蛋白質(zhì)生成呈正相關(guān)。這些特異性特征在小鼠與人類細(xì)胞中高度保守，證明了m1A在促進(jìn)mRNA甲基化翻譯中發(fā)揮作用。


參考文獻(xiàn)：
1）Dominissini D, et al. The dynamic N(1)-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA. Nature. 2016 Feb 25;530(7591):441-6. pii: nature16998.