目標(biāo)區(qū)域捕獲重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(LHC-BS)
目標(biāo)區(qū)域捕獲重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序是通過設(shè)計(jì)相應(yīng)的探針序列，特異性捕獲感興趣的基因組特定區(qū)域，捕獲片段進(jìn)一步通過重亞硫酸鹽處理，經(jīng)高通量測(cè)序檢測(cè)目標(biāo)區(qū)域的甲基化水平。該技術(shù)是大樣本量，固定區(qū)域甲基化檢測(cè)的首選，可廣泛應(yīng)用于臨床樣本甲基化特異性區(qū)域的鑒定以及與疾病相關(guān)的甲基化Bio-Marker的篩選和驗(yàn)證。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)：
覆蓋位點(diǎn)多：易基因團(tuán)隊(duì)研發(fā)技術(shù)，選用羅氏NimbleGen高質(zhì)量雜交探針，捕獲天然基因組DNA序列，覆蓋所有已注釋基因的啟動(dòng)子、CG島等區(qū)域，可檢測(cè)CG位點(diǎn)3M之多。基因核心調(diào)控元件如：?jiǎn)?dòng)子、增強(qiáng)子、CG島以及CG島邊緣的CG位點(diǎn)覆蓋均為850K芯片覆蓋的近10倍。
精確度高：單堿基分辨率。由于目標(biāo)區(qū)域高度富集，測(cè)序具有高深度、均勻分布的特點(diǎn)，檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確、可重復(fù)性高，與已發(fā)表的全基因組甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)有高度一致性。
成本低：通過捕獲技術(shù)富集關(guān)鍵區(qū)域進(jìn)行BS測(cè)序，減少非重要區(qū)域覆蓋，降低測(cè)序量。
實(shí)驗(yàn)策略
信息分析
技術(shù)參數(shù)
研究案例
基于液相雜交捕獲的重亞硫酸鹽測(cè)序的肝細(xì)胞癌DNA甲基化研究
Gao, F., et al. (2015). "Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach." Clin Epigenetics 7: 86.
1、背景：
全基因組重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序的測(cè)序成本較高，DNA甲基化的修飾研究往往只關(guān)注基因附近的區(qū)域，對(duì)基因組的區(qū)域進(jìn)行選擇性的捕獲和重亞硫酸鹽測(cè)序可以有效降低測(cè)序成本，并期望將其運(yùn)用于癌癥表觀基因組學(xué)研究領(lǐng)域。
2、方法：
基于目標(biāo)區(qū)域液相捕獲的重亞硫酸鹽測(cè)序技術(shù)，對(duì)肝細(xì)胞癌的啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化展開研究。
3、結(jié)論：
建立了基于全基因組啟動(dòng)子區(qū)域液相雜交捕獲和重亞硫酸鹽測(cè)序相結(jié)合的技術(shù)，并利用該技術(shù)研究了8個(gè)肝細(xì)胞癌患者癌和癌旁組織的全基因組啟動(dòng)子區(qū)域的DNA甲基化水平，共涉及到1.86 Mb的CpG位點(diǎn)。同時(shí)，結(jié)合基因表達(dá)數(shù)據(jù)和后期的大規(guī)模樣本間驗(yàn)證，成功鑒定出了7個(gè)與肝癌發(fā)生和發(fā)展有關(guān)的差異甲基化基因。
8對(duì)肝細(xì)胞癌患者癌和癌旁組織的DNA甲基化聚類分析以及差異甲基化候選基因
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技術(shù)推介｜目標(biāo)區(qū)域捕獲重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(LHC-BS)
