真核轉(zhuǎn)錄組-small RNA測序（small RNA-seq）
原核轉(zhuǎn)錄組測序可以從基因表達(dá)量、基因結(jié)構(gòu)和sRNA調(diào)控功能三維度揭示不同生物性狀的分子調(diào)控機(jī)制。如通過計算各組間的差異基因并對差異基因進(jìn)行富集分析，獲得對生物性狀影響較大的通路信息；通過預(yù)測基因的反義轉(zhuǎn)錄本，豐富基因組注釋內(nèi)容；研究sRNA對mRNA的相互作用，從分子調(diào)控角度解釋生物性狀之間的差異。
易基因針對檢測原核菌個性化設(shè)計rRNA去除探針，利用高通量技術(shù)對原核細(xì)胞所產(chǎn)生的所有mRNA和sRNA（非編碼RNA）進(jìn)行測序。系統(tǒng)全面解析特定細(xì)胞所產(chǎn)生的mRNA和sRNA對生物性狀的影響。
技術(shù)優(yōu)勢
1. 針對原核生物設(shè)計去除rRNA專屬探針，rRNA去除效果好。
2。 同時分析sRNA與mRNA的互作關(guān)系，更加全面解讀表達(dá)互作網(wǎng)絡(luò)。
研究方向
原核轉(zhuǎn)錄組測序是專業(yè)針對原核微生物設(shè)計開展的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。
1）基因表達(dá)量分析
2）差異基因鑒定
3）非編碼RNA鑒定等
實驗策略
信息分析
送樣要求
研究案例
嗜水氣單胞菌的原核轉(zhuǎn)錄組研究
Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.
1.背景：
嗜水氣單胞菌是魚類運動性氣單胞菌敗血癥的病原體。嗜水氣單胞菌的發(fā)病機(jī)制是復(fù)雜的、多因素的，涉及粘附素、毒素和鐵元素攝取系統(tǒng)等多種毒力因子。盡管不斷有新的毒力因子被人們發(fā)現(xiàn)，但這種細(xì)菌的致病機(jī)制仍不清楚。
2.方法：
IolR是一種轉(zhuǎn)錄抑制因子，可以負(fù)向調(diào)節(jié)肌醇代謝活性。作者在養(yǎng)殖死亡的鯉魚中分離出來嗜水氣單胞菌NJ-35細(xì)菌，采用同源重組的方法構(gòu)建了一株IolR基因缺失菌株，將ΔiolR突變體菌株與野生型菌株進(jìn)行比較分析。對細(xì)菌在LB培養(yǎng)基上的生長情況進(jìn)行評估，并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組比較分析和qRT-PCR驗證，以鑒定IolR在嗜水氣單胞菌NJ-35中的功能。
3.結(jié)論：
原核轉(zhuǎn)錄組分析表明差異表達(dá)基因大多涉及膜部分、轉(zhuǎn)運、細(xì)胞代謝和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等功能
參考文獻(xiàn)：
Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.
AraC-Type Regulator Rsp Adapts Staphylococcus aureus Gene Expression to Acute Infection
AraC型轉(zhuǎn)錄因子Rsp使金黃色葡萄球菌基因表達(dá)適應(yīng)急性感染
1、背景：
金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）是一種重要的人類病原體，可引起急性感染和慢性感染。而急性感染
的特征在于有明顯的毒素產(chǎn)生，慢性感染則通常涉及生物膜形成。然而，金黃色葡萄球菌引起急性
和慢性感染的機(jī)制仍然不明確。
2、方法：
作者鑒定了一種調(diào)節(jié)蛋白Rsp，該調(diào)節(jié)蛋白屬于AraC型轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子家族的成員。當(dāng)抑制主要的菌膜相關(guān)基因的
表達(dá)及菌膜形成時，Rsp可促進(jìn)毒素的產(chǎn)生。
3、結(jié)論：
Rsp通過上調(diào)Agr及下調(diào)polysaccharide intercellularadhesin （PIA）來調(diào)節(jié)毒力影響。深入研究表明，Rsp通過結(jié)合 agrP2
和icaADBC啟動子，來促進(jìn)Agr調(diào)控的PSMs 和α-toxin的表達(dá)，同時抑制PIA的產(chǎn)生。該研究表明Rsp調(diào)控子可作為
治療金黃色葡萄球菌急性感染的一個潛在靶標(biāo)。
