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m6A甲基化-常規(guī)mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（lnc-MeRIP）


m6A是RNA上最豐富的一種修飾，平均每條轉(zhuǎn)錄本有1~3個(gè)m6A修飾。易基因MeRIP-seq技術(shù)利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測(cè)序，可以對(duì)RNA上的m6A修飾進(jìn)行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域；可應(yīng)用于動(dòng)物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測(cè)。


大樣本量m6A-QTL性狀關(guān)聯(lián)分析，傳統(tǒng)MeRIP單個(gè)樣品價(jià)格高，通常難以承擔(dān)。易基因開(kāi)發(fā)建立MeRIP-seq2技術(shù)，顯著提成IP平行性，實(shí)現(xiàn)不同樣本間相對(duì)定量，降低檢測(cè)成本。

 

易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術(shù)：

1）m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測(cè)序（MeRIP-seq）

2）m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（lnc-MeRIP-seq）

3）m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（Micro-lnc-MeRIP-seq）

4）高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測(cè)序（MeRIP-seq2）


 技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1）起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需1μg總RNA；

2）轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)：可以同時(shí)檢測(cè)mRNA和lncRNA；

3）樣本要求：可用于動(dòng)物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測(cè)；

4）重復(fù)性高：IP富集重復(fù)性高，最大化降低抗體富集偏差

5）應(yīng)用范圍廣：廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域。


研究方向

m6A甲基化目前主要運(yùn)用在分子機(jī)制的理論性研究

1）疾病發(fā)生發(fā)展：腫瘤、代謝疾?。ㄈ绶逝?糖尿病）、神經(jīng)和精神疾?。ㄈ绨柶澓ＤY/抑郁癥）、炎癥…

2）發(fā)育和分化：早期胚胎發(fā)育、個(gè)體/組織/器官生長(zhǎng)發(fā)育、干細(xì)胞分化與命運(yùn)決定、衰老

3）環(huán)境暴露與響應(yīng)：污染、抗逆、生活方式


 技術(shù)路線


實(shí)驗(yàn)策略


送樣要求



技術(shù)選擇


分析內(nèi)容

注：個(gè)性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請(qǐng)聯(lián)系對(duì)接銷售或技術(shù)支持

經(jīng)典案例

項(xiàng)目文章：
縱向轉(zhuǎn)錄組分析揭示了m6A甲基化修飾在豬胚胎期骨骼肌發(fā)育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是最豐富的一類mRNA修飾，可以促進(jìn)骨骼肌的發(fā)育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的狀態(tài)和功能仍不清楚。
方法
研究人員首先證明METTL14（一種m6A甲基轉(zhuǎn)移酶）沉默可抑制成肌細(xì)胞的分化，促進(jìn)C2C12 成肌細(xì)胞增殖。采用m6A-seq（MeRIP-seq）測(cè)序方法，對(duì)豬骨骼肌發(fā)育六個(gè)胚胎期的縱向轉(zhuǎn)錄組和表觀轉(zhuǎn)錄組圖譜進(jìn)行分析。
結(jié)論
MeRIP-seq結(jié)果顯示：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個(gè)不同階段的m6A修飾呈現(xiàn)高度的動(dòng)態(tài)變化，且大多數(shù)受影響的基因在與骨骼肌發(fā)育相關(guān)的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq證實(shí)了胰島素樣生長(zhǎng)因子2 mRNA結(jié)合蛋白1(IGF2BP1)靶向與骨骼肌發(fā)育相關(guān)通路的76個(gè)基因，包括關(guān)鍵肌肉發(fā)育標(biāo)記基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介導(dǎo)的 IGF2BP1沉默可抑制成肌細(xì)胞分化，促進(jìn)其增殖，類似于METTL14 沉默所觀察到的表觀遺傳變化。本研究不僅闡明了肌肉發(fā)育中m6A甲基化的動(dòng)力學(xué)，且確定了參與豬胚胎期骨骼肌發(fā)育基因表達(dá)的關(guān)鍵基因。

圖：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個(gè)不同階段的縱向轉(zhuǎn)錄組和表觀轉(zhuǎn)錄組表征


參考文獻(xiàn)：

① Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.