植物簡(jiǎn)化基因組甲基化（Plant-RRBS）
DNA甲基化在植物基因組中以CG、CHG和CHH三種堿基序列的胞嘧啶上發(fā)生（H=A，T或C），甲基化轉(zhuǎn)移酶包括DRM，CMT和MET等。在植物中，DNA胞嘧啶的甲基化會(huì)導(dǎo)致基因表達(dá)的改變和轉(zhuǎn)座因子的失活，修飾狀態(tài)的改變可能產(chǎn)生具有不同表型狀態(tài)的表觀等位基因。全基因組亞硫酸鹽測(cè)序（WGBS）是植物甲基化檢測(cè)金標(biāo)準(zhǔn)。RRBS在哺乳動(dòng)物甲基化檢測(cè)中廣泛應(yīng)用，但對(duì)植物基因組C堿基甲基化檢測(cè)覆蓋度極為有限。易基因研究團(tuán)隊(duì)創(chuàng)建的雙酶切DRRBS（Plant-RRBS）被同行研究證明，對(duì)于大基因組或植物群體基因組甲基化的檢測(cè)極為有效，胞嘧啶覆蓋廣泛。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1）精確度高：在其覆蓋范圍內(nèi)可達(dá)到單堿基分辨率。
2）重復(fù)性好：多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性可達(dá)到85%-95%，適用于多樣本間的差異分析。
3）性價(jià)比高：測(cè)序區(qū)域針對(duì)高CpG區(qū)域，數(shù)據(jù)利用率更高。
4）原創(chuàng)技術(shù)：雙酶切DRRBS原創(chuàng)技術(shù)；發(fā)表BMC genomics；陶謙教授極力推薦。
信息分析
技術(shù)開發(fā)：
1、背景：基于RRBS位點(diǎn)覆蓋缺陷性，研發(fā)更具代表性的簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序技術(shù)。
2、方法：通過幾十種不同的限制性內(nèi)切酶模擬評(píng)估，篩選MspI、ApekI和DpnII等酶切組合應(yīng)用于動(dòng)物、植物樣本基因組甲基化檢測(cè)，提高CG、CHG和CHH位點(diǎn)的覆蓋度。
3、結(jié)論：雙酶切RRBS可以顯著提高哺乳動(dòng)物基因組，特別是調(diào)控區(qū)域的CG位點(diǎn)覆蓋度，對(duì)于MRD檢測(cè)更加準(zhǔn)確；Plant-RRBS對(duì)于植物基因組甲基化檢測(cè)而言，與全基因組甲基化檢測(cè)相比，可分析位點(diǎn)相當(dāng)，但是測(cè)序深度更高。
參考文獻(xiàn)
1. Junwen Wang, et al. Double restriction-enzyme digestion improves the coverage and accuracy of genome-wide CpG methylation profiling by reduced representation bisulfite sequencing, BMC Genomics. 2013 Jan 16;14:11.
2. Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS, a bisulfite and next-generation sequencing-based methylome profiling method enriching for coverage of cytosine positions, BMC Plant Biol. 2017 Jul 6;17(1):115.
3. Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS: DNA Methylome Profiling Adjusted to Plant Genomes, Utilizing Efficient Endonuclease Combinations, for Multi-Sample Studies, Methods Mol Biol. 2020;2093:65-80.
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