多組學(xué)（Multi-Omics）是探究生物系統(tǒng)中多種物質(zhì)之間相互作用的方法，包括基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等，這些物質(zhì)共同影響生命系統(tǒng)的表型、性狀等。對(duì)不同組學(xué)數(shù)據(jù)源進(jìn)行歸一化處理、比較分析，建立不同組間數(shù)據(jù)的關(guān)系，綜合多組學(xué)數(shù)據(jù)對(duì)生物過程從不同組學(xué)水平進(jìn)行全面的深入闡釋，從而更好的對(duì)生物系統(tǒng)進(jìn)行全面了解。

• 目標(biāo)設(shè)定：明確研究目的，比如探究特定疾病的病因、病理機(jī)制或藥物反應(yīng)。
• 樣本選擇：根據(jù)研究目標(biāo)選擇合適的樣本類型（如血液、組織、細(xì)胞等）和樣本量。
• 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：設(shè)計(jì)對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組，確保實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性和隨機(jī)性。

• 進(jìn)行高通量測(cè)序（如WGS或WES）以獲得基因組數(shù)據(jù)。
• 預(yù)處理包括質(zhì)量控制、序列比對(duì)、變異檢測(cè)和基因型鑒定。

• 通過WGBS或RRBS等技術(shù)獲取DNA甲基化數(shù)據(jù)。
• 預(yù)處理包括甲基化水平的定量和差異甲基化區(qū)域（DMR）的鑒定。

• 利用RNA-seq技術(shù)獲取基因表達(dá)數(shù)據(jù)。
• 預(yù)處理包括序列比對(duì)、表達(dá)量估計(jì)和差異表達(dá)基因（DEG）分析。

• 通過質(zhì)譜技術(shù)（如LC-MS/MS）獲取蛋白質(zhì)表達(dá)和修飾數(shù)據(jù)。
• 預(yù)處理包括肽段鑒定、蛋白質(zhì)定量和差異蛋白質(zhì)分析。

• 通過NMR或LC-MS技術(shù)獲取代謝物數(shù)據(jù)。
• 預(yù)處理包括代謝物鑒定和相對(duì)定量。

• 通過16S rRNA測(cè)序或宏基因組測(cè)序分析微生物組成。
• 預(yù)處理包括OTU聚類、物種注釋和多樣性分析。

• 對(duì)每個(gè)組學(xué)的數(shù)據(jù)進(jìn)行獨(dú)立分析，識(shí)別關(guān)鍵的生物標(biāo)志物和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

• 利用統(tǒng)計(jì)和生物信息學(xué)方法整合不同組學(xué)的數(shù)據(jù)，如相關(guān)性分析、網(wǎng)絡(luò)分析和機(jī)器學(xué)習(xí)。
• 識(shí)別跨組學(xué)間的相互作用和調(diào)控機(jī)制。

• 通過實(shí)驗(yàn)方法（如qPCR、Western blot、ELISA等）驗(yàn)證關(guān)鍵基因、蛋白質(zhì)和代謝物的表達(dá)變化。
• 進(jìn)行功能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證候選基因或蛋白質(zhì)的功能。

應(yīng)用領(lǐng)域

• 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)
• 植物生理病理機(jī)制
• 分子育種
• 臨床醫(yī)學(xué)研究
• 微生物代謝
• 藥物研發(fā)

多組學(xué)案例展示： 
 
WGBS+totalRNA-seq：探索差異甲基化區(qū)域（DMR）與差異表達(dá)基因、miRNA和siRNA之間的重疊關(guān)系，揭示基因表達(dá)調(diào)控的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)。

 
血液組織RRBS+RNAseq：通過皮爾森關(guān)聯(lián)分析，研究DMR甲基化水平與基因表達(dá)水平間的相關(guān)性，深入理解表觀遺傳對(duì)基因表達(dá)的影響。

 
腸道宏基因組+宏病毒組：比較健康與炎癥性腸?。║C）組中噬菌體與細(xì)菌豐度的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)微生物組與疾病之間的潛在聯(lián)系。

 
腸道菌群16S+血液代謝組+肝臟轉(zhuǎn)錄組：運(yùn)用多元線性模型關(guān)聯(lián)分析，篩選出關(guān)鍵調(diào)控模型，構(gòu)建低劑量抗生素飼喂促進(jìn)仔豬快速生長(zhǎng)的多組學(xué)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
參考文獻(xiàn)：
1) Yan H, Bombarely A, Xu B, et al.Autopolyploidization in  switchgrass alters phenotype and flowering time viaepigenetic  and tranion regulation[J]. Journal of experimental botany,2019
2) Zhang, D., Hu, Q., … Gao, F. (2019). Epigenetic and transcriptional signatures of  ex situ conserved golden snub-nosed monkeys (Rhinopithecus roxellana).
3) Zuo, T., Lu, X. J., Zhang, Y. (2019). Gut mucosal virome alterations in ulcerative  colitis. Gut, 68(7), 1169-1179.
4) Inter-correlated gut microbiota and SCFAs changes upon antibiotics exposure links with rapid body-mass gain in weaned piglet model. The Journal of nutritional biochemistry,2019, 74: 108246.