甲基化-簡化基因組甲基化測序（RRBS/ dRRBS/ XRBS）
簡化甲基化測序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是利用限制性內(nèi)切酶對基因組進(jìn)行酶切，富集啟動子及CpG島等重要的表觀調(diào)控區(qū)域并進(jìn)行重亞硫酸鹽測序。該技術(shù)顯著提高了高CpG區(qū)域的測序深度，在CpG島、啟動子區(qū)域和增強(qiáng)子元件區(qū)域
可以獲得高精度的分辨率，是一種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的DNA甲基化研究方法，在大規(guī)模
臨床樣本的研究中具有廣泛的應(yīng)用前景。為了適應(yīng)科研技術(shù)的需要，我們進(jìn)一步開發(fā)了可在更大區(qū)域內(nèi)
捕獲CpG位點(diǎn)的雙酶切RRBS(dRRBS)，可研究更廣泛區(qū)域的甲基化，包括CGI shore等區(qū)域。
為助力低樣本量多維度分析，我們開發(fā)了富集覆蓋CpG島、啟動子、增強(qiáng)子、CTCF結(jié)合位點(diǎn)的甲基化靶向測序方法：extended-representation bisulfite sequencing （XRBS），
實(shí)現(xiàn)了高靈敏度和樣本復(fù)用，使其具有高度可擴(kuò)展性，并適用于有限的樣本和單個(gè)細(xì)胞。
技術(shù)優(yōu)勢
3. 性價(jià)比高：測序區(qū)域針對高CpG區(qū)域，數(shù)據(jù)利用率更高。
實(shí)驗(yàn)策略
信息分析
技術(shù)參數(shù)
研究案例
DNA甲基化的改變對癌癥細(xì)胞侵襲能力的影響
Antje Hascher, et al. (2013) DNA Methyltransferase Inhibition Reverses Epigenetically Embedded Phenotypes in Lung Cancer
Preferentially Affecting Polycomb Target Genes. Clin Cancer Res; 20(4); 814?26.
1、背景：
癌細(xì)胞的表型在一定程度上由表觀決定，比如DNA甲基化。癌癥發(fā)展后期的轉(zhuǎn)移特性可能與表觀遺傳修飾的改變有關(guān)。
2、方法：
利用RRBS技術(shù)檢測具有高侵襲性的非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系(A549和HTB56)以及相應(yīng)經(jīng)過甲基化抑制劑氮雜胞苷（azacytidine）處理過的細(xì)胞
系的甲基化修飾。探討甲基化的改變對肺癌細(xì)胞系的侵襲能力的影響。
3、結(jié)論：
高侵襲性細(xì)胞系在發(fā)展過程中，DNA甲基化修飾發(fā)生了廣泛的改變。同低侵襲能力的細(xì)胞系相比，RRBS檢測到的CpG富集的區(qū)域中有2.5%
的區(qū)域發(fā)生了差異修飾。當(dāng)使用了DNA甲基化抑制劑azacytidine，伴隨著這些高甲基化修飾的位點(diǎn)出現(xiàn)甲基化修飾的丟失，細(xì)胞系的侵襲能
力也發(fā)生了逆轉(zhuǎn)。
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