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羥甲基化-全基因組羥甲基化測序(ACE)

該技術是一種全新的鑒定5hmC的方法。DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁,而5hmC則因為不被該酶識別,測序時仍被識別為C。該技術利用該酶的這種特性,特異性地檢測基因組上發(fā)生的5hmC修飾。


ACE-seq原理示意如下:


(1)利用β-葡糖基轉移酶(βGT)將5hmC加上葡糖基,轉變成5ghmC,5ghmC不會被A3A酶脫氨基。
(2)利用A3A酶特異去除C和5mC的氨基,使其轉變成U,而5hmC保持為C,從而將5hmC和C/5mC區(qū)分開來。




技術優(yōu)勢

1)檢測范圍為全基因組;
2)單堿基分辨率;
3)起始DNA量比常規(guī)的oxBS技術降低100倍;
4)高準確性。


實驗策略


信息分析


送樣要求



研究案例

開發(fā)了ACE-Seq技術并利用ACE-Seq探究小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC的特征及作用
Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase

1、背景
傳統(tǒng)的鑒定5hmC的技術需要運用化學試劑進行轉化,會破壞基因組DNA,且需要的DNA起始量較大。建立一種非破壞性的、低起始DNA量的鑒定5hmC的技術有助于加快加深5hmC的研究。
2、方法
利用DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)特異性脫去C及5mC的氨基使其轉變成U的特性,建立了一種新型的鑒定基因組上的5hmC修飾的技術,并將該技術結合BS-Seq技術,研究了小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC的特征及作用。
3、結論
分析了小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC在不同基因元件的水平;
探究了小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC的異質性。
探究了5mC及5hmC在小鼠腦部神經(jīng)細胞中的作用。

參考文獻:
DOI:10.1038/nbt.4204