羥甲基化-全基因組羥甲基化測序(ACE)
該技術是一種全新的鑒定5hmC的方法。DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁,而5hmC則因為不被該酶識別,測序時仍被識別為C。該技術利用該酶的這種特性,特異性地檢測基因組上發(fā)生的5hmC修飾。
ACE-seq原理示意如下:
技術優(yōu)勢
實驗策略
信息分析
送樣要求
研究案例
開發(fā)了ACE-Seq技術并利用ACE-Seq探究小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC的特征及作用
Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase
1、背景
傳統(tǒng)的鑒定5hmC的技術需要運用化學試劑進行轉化,會破壞基因組DNA,且需要的DNA起始量較大。建立一種非破壞性的、低起始DNA量的鑒定5hmC的技術有助于加快加深5hmC的研究。
2、方法
利用DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)特異性脫去C及5mC的氨基使其轉變成U的特性,建立了一種新型的鑒定基因組上的5hmC修飾的技術,并將該技術結合BS-Seq技術,研究了小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC的特征及作用。
3、結論
分析了小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC在不同基因元件的水平;
探究了小鼠腦部神經(jīng)細胞5mC及5hmC的異質性。
探究了5mC及5hmC在小鼠腦部神經(jīng)細胞中的作用。
參考文獻:
① DOI:10.1038/nbt.4204