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m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序(Micro- lnc-MeRIP)


m6A是RNA上最豐富的一種修飾,平均每條轉錄本有1~3個m6A修飾。易基因MeRIP-seq技術利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),結合高通量測序,可以對RNA上的m6A修飾進行定位與定量,總RNA起始量可降低至10μg,最低僅需1μg總RNA。廣泛應用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應答等研究領域;可應用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測。


大樣本量m6A-QTL性狀關聯(lián)分析,傳統(tǒng)MeRIP單個樣品價格高,通常難以承擔。易基因開發(fā)建立MeRIP-seq2技術,顯著提成IP平行性,實現(xiàn)不同樣本間相對定量,降低檢測成本。

 

易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術:

1)m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測序(MeRIP-seq)

2)m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序(lnc-MeRIP-seq)

3)m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序(Micro-lnc-MeRIP-seq)

4)高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測序(MeRIP-seq2)


 技術優(yōu)勢

1)起始量低:樣本起始量可降低至10-20μg,最低僅需1μg總RNA

2)轉錄組范圍內(nèi):可以同時檢測mRNA和lncRNA;

3)樣本要求:可用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測;

4)重復性高:IP富集重復性高,最大化降低抗體富集偏差

5)應用范圍廣:廣泛應用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應答等研究領域。


研究方向

m6A甲基化目前主要運用在分子機制的理論性研究

1)疾病發(fā)生發(fā)展:腫瘤、代謝疾?。ㄈ绶逝?糖尿?。?、神經(jīng)和精神疾?。ㄈ绨柶澓DY/抑郁癥)、炎癥…

2)發(fā)育和分化:早期胚胎發(fā)育、個體/組織/器官生長發(fā)育、干細胞分化與命運決定、衰老

3)環(huán)境暴露與響應:污染、抗逆、生活方式


 技術路線


實驗策略


送樣要求



技術選擇


分析內(nèi)容

注:個性化分析、多組學關聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術支持

經(jīng)典案例

項目文章:
縱向轉錄組分析揭示了m6A甲基化修飾在豬胚胎期骨骼肌發(fā)育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是最豐富的一類mRNA修飾,可以促進骨骼肌的發(fā)育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的狀態(tài)和功能仍不清楚。
方法
研究人員首先證明METTL14(一種m6A甲基轉移酶)沉默可抑制成肌細胞的分化,促進C2C12 成肌細胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)測序方法,對豬骨骼肌發(fā)育六個胚胎期的縱向轉錄組和表觀轉錄組圖譜進行分析。
結論
MeRIP-seq結果顯示:胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的m6A修飾呈現(xiàn)高度的動態(tài)變化,且大多數(shù)受影響的基因在與骨骼肌發(fā)育相關的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq證實了胰島素樣生長因子2 mRNA結合蛋白1(IGF2BP1)靶向與骨骼肌發(fā)育相關通路的76個基因,包括關鍵肌肉發(fā)育標記基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介導的 IGF2BP1沉默可抑制成肌細胞分化,促進其增殖,類似于METTL14 沉默所觀察到的表觀遺傳變化。本研究不僅闡明了肌肉發(fā)育中m6A甲基化的動力學,且確定了參與豬胚胎期骨骼肌發(fā)育基因表達的關鍵基因。
圖:胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的縱向轉錄組和表觀轉錄組表征


參考文獻:

 Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.