外顯子組測(cè)序（WES）
權(quán)威的突變鑒定軟件：采用權(quán)威的GATK，muTect，VarScan2等軟件更準(zhǔn)確鑒定突變。
技術(shù)路線
分析內(nèi)容
樣本類(lèi)型
人的細(xì)胞，組織，全血，總DNA等
建議總DNA起始量：5 μg，最低1 μg，濃度≥50 ng/μL(Qubit定量)
外顯子組測(cè)序發(fā)現(xiàn)LDLR和APOA5罕見(jiàn)變異增加心肌梗塞風(fēng)險(xiǎn)
研究背景
心肌梗塞（Myocardial infarction，MI）是一種在全世界范圍內(nèi)致人死亡的常見(jiàn)原因，表現(xiàn)為一種復(fù)雜的遺傳模式。當(dāng)MI發(fā)生于人生早期（男性≤50歲發(fā)病，女性≤60歲發(fā)?。?，遺傳因素是主要的風(fēng)險(xiǎn)因素。之前的研究發(fā)現(xiàn)，LDL（low-density lipoprotein）基因上的罕見(jiàn)變異增加單個(gè)家庭中的成員發(fā)生MI風(fēng)險(xiǎn)，而其常見(jiàn)變異與人群中的MI風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。該研究關(guān)注LDL基因上的罕見(jiàn)變異是否會(huì)增加人群在早期發(fā)生MI的風(fēng)險(xiǎn)。
研究結(jié)果
研究人員通過(guò)結(jié)合外顯子組測(cè)序、基因芯片、靶向測(cè)序在大量疾病和對(duì)照樣本的篩選與MI相關(guān)的罕見(jiàn)變異（需要至少10000樣本量才能達(dá)到80%的統(tǒng)計(jì)功效）。研究人員再對(duì)篩選到的罕見(jiàn)變異（MAF<1%）進(jìn)行分組，包括Nonsynonymous、Deleterious（PolyPhen）、Deleterious（broad）、Deleterious（strict）和Disruptive組，采用Burden檢驗(yàn)法對(duì)這些罕見(jiàn)變異集合進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析找出與MI顯著相關(guān)的罕見(jiàn)變異，最后通過(guò)計(jì)算OR值判斷這些罕見(jiàn)變異導(dǎo)致MI的風(fēng)險(xiǎn)。經(jīng)過(guò)分析發(fā)現(xiàn)MI患者的2個(gè)基因含有罕見(jiàn)變異的頻率顯著高于正常人。攜帶LDLR（low-density lipoprotein receptor）罕見(jiàn)非同義突變患MI風(fēng)險(xiǎn)比正常人高4.2倍，攜帶LDLR 無(wú)義突變患MI的風(fēng)險(xiǎn)高13倍。大約2%的早期MI患者LDLR基因含有罕見(jiàn)致病突變。攜帶APOA5基因罕見(jiàn)非同義突變患MI的風(fēng)險(xiǎn)增加2.2倍。與非攜帶者相比，LDLR突變攜帶者的血漿LDL膽固醇較高，APOA5突變攜帶者的血漿甘油三酯較高?？偨Y(jié)其它研究結(jié)果來(lái)看，脂蛋白甘油三酯以及LDL膽固醇代謝紊亂會(huì)增加MI患病風(fēng)險(xiǎn)。
圖1 (a)通過(guò)對(duì)9793例樣本進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)位于LDLR的罕見(jiàn)變異（包括MAF<1%的包括無(wú)義變異、可變剪切變異、移碼變異）。(b) 在不同罕見(jiàn)變異分組中患者的LDL膽固醇水平。
參考文獻(xiàn)
Do, R., et al., Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction. Nature, 2015. 518(7537): p. 102-6.
