RNA免疫共沉淀測序 (RIP-seq)
RIP-seq是將RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）與二代測序技術(shù)（NGS）相結(jié)合以研究細胞內(nèi)RNA與蛋白互作的技術(shù)，RIP利用目標蛋白抗體把相應的RNA-蛋白復合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下來，然后經(jīng)過富集和純化就可以對結(jié)合在復合物上的RNA進行測序分析。
RIP-seq對富集得到的RNA片段通過高通量測序，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況進行分析，揭示RNA分子與RBP互作（包括非編碼RNA與蛋白互作）。RIP-seq是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)控靶點。
應用領域：
1）全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)揭示RNA分子與RBP互作
2）RNA與靶蛋白相互作用的驗證
3）RBP與mRNA的互作分析
技術(shù)優(yōu)勢：
1）全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定
2）高靈敏度：每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標簽，檢測轉(zhuǎn)錄本上更多的蛋白結(jié)合位點
3）高精確率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準確區(qū)分真實事件與噪音
4）多種商品化抗體，高效支持實驗開展
實驗策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
案例解析：
對311個CRC樣本、癌癥基因組圖譜和基因表達綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）數(shù)據(jù)庫中SRSF6的表達進行全面分析。通過RIP-seq鑒定SRSF6調(diào)控的可變剪接（AS）及其結(jié)合位點，并通過凝膠遷移和微基因報告實驗進行驗證。
結(jié)果：
